Welcome to chloroscan’s documentation!

Table of contents

Contents:

• Installation
  • 1. pip and conda/mamba
  • 2. CAT database
  • 3. Binny database and conda environments
• Running ChloroScan
  • 1. Are there any plastids in your data?
  • 2. A common minimal command
  • 3. Explanations to arguments in commands
• Inputs and Outputs
  • 1. Raw input data
  • 2. Corgi predictions
  • 3. binning results
  • 4. CAT
  • 5. Summary files
  • 5. Refinement module
  • 6. cds-extraction
  • 7. Visualizations
  • 8. Summary.
• Snakemake-related command line utilities
  • run
  • config
  • env
  • info
  • profile
  • github
  • docs
• Credits/鸣谢

目录

目录:

• 下载
  • 1. pip 和 conda/mamba
  • 2. CAT 数据库
  • 3. Binny 数据库和 conda 环境
• 运行 ChloroScan
  • 1. 数据中是否存在叶绿体？
  • 2. 常用的最简命令
  • 3. 命令参数说明
• 输入与输出
  • 1. 输入数据
  • 2. Corgi预测
  • 3. binny分箱结果
  • 4. CAT
  • 5. 总结模块
  • 5. “润色”模块
  • 6. 预测开放阅读框和基因蛋白序列
  • 7. 可视化
  • 8. 总结
• Snakemake-相关的指令
  • 配置/config
  • env
  • info
  • profile
  • github
  • docs

Indices and tables

• Index

• Module Index

• Search Page